こちらで確認したのですが、
ツリーのエフェクトに関してはどうやら私の見当違いだったようです。

書き換えられるのはフォントファイルだけのようです。

今までのメイリオは“Meiryo UI”というフォントに取って代わると思えば良いようです。
tonpooさんが仰る行間が変わるのは当然ということのようで。

Silverlightの件はIE8のウェブスライスの機能に産経ニュースの一覧を表示するものがあって、
それにSilverlightが使われているのですが、
このパッチを当てるとそのフォントの尺が原因か分かりませんが、
若干見栄えが粗く映るようなんです。

決してバグというわけではありませんが、
フォント自体が別物に取って代わるために尺度が変わっちゃうのでしょうね。

MS UI Gothicとメイリオの中間サイズというのは結構良さそうに思えるのですが、
リボンUIのアプリを入れていない限り、あまり必要性はなさそうです。

ちなみに、エクスプローラーのツリーのエフェクト自体は、以前からあった気がします（上記「さらに追記」にあるように、Meiryo UIインストール前の状態に復元したんですけど、ツリーエフェクトは生きてました。デフォルト状態で▲が消えているのは変わらずですが・・・）。

今までVistaには、こんなエフェクトなかったですよね？確か。

情報ありがとうございます。

私の場合、一部のSilverlightコンポーネントによるフォント表示が
若干崩れたように見えたので結局アンインストールしたのですが、
ツリーの挙動は相変わらずです…。OTL

まぁ言われないと気付かなかった程のものですし、
別段目茶目茶不便というわけではないのですが、
何か要らないエフェクトが増えた気はします…。